кроме файлов шаблона
есть еще контроллеры от админ панели -> смотрите какие контроллеры работают (надеюсь вы понимаете что делаете) -> какие используют модели - какие шаблоны в админ панели они используют
а еще могут быть модули у шаблона на фронте, там тоже самое что и с админ панелью
а еще некоторые шаблоны модифицируют исходный код магазина, в лучшем случае модификатором (его вы найдете в базе или в папке system) а в худшем перезаписывают исходный файл магазина (тогда очень проблематично найти будет, надо будет сравнивать исходники со своими)
а еще если магазины 2.х и 3х то при установке через установщик могут создаваться таблицы или выполнятся какието скрыпты php^ такое уже не вытащить, а решать по мере возникновения ошибок, параллельно развернув новый сайт и старый
не имея архива шаблона затея не простая, если исключить простоту самого шаблона (т.е шаблон простой без особых наворотов, то вытащить можно)