Вот текст с сайта разработчика:
-----------------------------
Layouts
Updated to 1.5.1.3
Insert new layouts or templates for sub-pages.
After uploading the layout file to public_html/catalog/view/theme/default/template/templatename (OR your store's exact URL), tell your store where to find the template.
*Layout Name
Give the new layout a name.
Click ADD ROUTE Button, then select Store Name or leave blank for default, specify the route or URL in the ROUTE field and click the Save button.
-----------------------------------------------
Сокращенно-упрощенный перевод:
Схемы расположения шаблонов модулей
Обновленный к 1.5.1.3
Для добавления новых схем расположений шаблонов подстраниц.
После загрузки файла шаблона в public_html/catalog/view/theme/default/template/templatename (ИЛИ точный URL Вашего магазина), укажите Вашему магазину, где найти шаблон.....
----------------------------------------------------
Итак теперь понятно, что если я хочу добавить индивидуальный шаблон (файл tpl в директории template) для моего модуля какой нить страницы, то я должен здесь создать схему его расположения по аналогии с существующими, а в модулях для этого модуля задать соответствующую схему. То есть модуль Категории должен быть привязан к схеме Category, чтобы загружался специально созданный для показа категории шаблон, в противном случае будет использоваться "не родной" шаблон.