Первое - спецификация xhtml гласит что надпись <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> и должна размещаться раньше всех, тем что вы изменяете структуру по указанию якобы "общепринятых стандартов" сео пульта вы только нарушаете валидацию.
Второе - все скрипты и css и должны находится в head, т.к. скрипты должны загружаться раньше всего документа и меняя их положение есть вероятность что у вас что-то "отвалится". Причем в случае JS, это может обнаружится далеко не сразу.
Третье - как правильно заметили выше - это ни на что не влияет, поисковикам глубокомысленно пофигу где у вас скрипты и что там в хедере (если это не мета теги с ключевыми словами(sic!), об этом действительно стоит позаботится ).
