Описания категорий, описания товаров, статьи, у вас как то всё в кучу и кони и яблоки.
Если речь всё же именно о категориях, то о товарах и статьях можно забыть. Это три разных элемента.
Вариант 1, это через Схемы. Предположим с помощью модуля HTML из состава самого Opencart.
Открыли раздел Дизайн - Схемы (Макеты) , создали новую схему, просто название без указания пути.
В модуле HTML добавили нужный нам текст. После чего в Каталог - Категории в самой категории во вкладке Дизайн указали, созданный новый макет, ну и соответственно в разделе Дизайн - Схемы вывели в новом макете наш HTML модуль.
Вариант 2, создайте в категории дополнительное описание. Со своим собственным полем в базе данных, которое не известно вашему модулю 1C и которое он бы не затрагивал.
Хотя если ваш модуль 1С затирает полностью все данные (например ID категорий, товаров итд) и создаёт новые, то ничего уже как мне кажется вам не поможет.