Я, например, каких только чудес не встречал с исходниками.
Например, PNG внутри JPEG и наоборот. Т.е. расширение у файла одно, но его mime-тип совершенно иной.
Многие браузеры, кстати научились отображать такие странные изображения, но тот же классический фотошоп откажется принять на входе такое изображение.
Перечень странностей исходных изображений может быть очень велик. Привел самое распространенное для примера. Могут быть битые изображения. Причем может быть поврежден буквально один байт, что на визуальном восприятии не отобразится, но файл не может быть обработан.
Но чаще бывают проблемы с правами на файлы и папки. Иногда после очередных настроек (сервера) неожиданно меняются права доступа к некоторым папкам или меняется неожиданно пользователь linux, от которого работал скрипт php. Встречал такое.
При этом библиотека GD при невозможности записать файл может даже не выдать предупреждающего сообщения, но imagick может вылететь с fatal error при этом.
Я, кстати, у себя в модуле реализовал исключения в скрипте на этот случай чтобы не вываливался скрипт с fatal error и/или белым экраном.
это еще ничего не гарантирует.
вы проверьте от какого пользователя у вас скрипт создает файлы именно сейчас и с какими правами создаются они.
То, что было создано раньше не означает, что теперь создается также.
Мало ли.... особенно много проблем с этим на VDS. Просто многие понятия не имеют о том как же его правильно настроить. На общих хостингах тут меньше всего проблем. Но как только я слышу о подобной проблеме, то по моей статистике она случается в 99% случаев именно на VDS.