Я тоже в это не верю. Быть такого не может, если под выражением "шаблонный магазин" имеется в виду именно дизайт. Если наполнить самый дефолтный магазин классными текстами и шикарными фотками, то и люди и роботы (со временем) признают его неповторимым, уникальным и полезным. Дизайн здесь ни при чём. Текст, фото, видео, внешние ссылки... - вот, что делает ресурс "уникальным".
Не вижу смысла работать на дефолтном шаблоне, точно так не вижу смысла делать вёрстку с нуля. Сильно вряд-ли индивидуальный дизайн станет причиной органического трафика. Не верю.
Не надо забивать совсем. Мы про дизайн? Думая за дизайн, не надо думать за СЕО. Дизайн, это инструмент продаж, а не инструмент СЕО. Впрочем, имхо, если продажи хорошие и конверсия "лучше всех", то ПСы сами подтянут такой магаз в свою выдачу. Они ищут такие магазины, у роботов работа такая - искать хорошие магазины. Просто делайте хороший магазин. "Хороший магазин", - это тот, который продаёт, просто чаще всего красивый магазин продаёт лучше некрасивого, при прочих равных.