Подкатегории 2го уровня важнее, чем подкатегории 3го, поэтому они и отображаются так, как сейчас, делать их одинаковыми по стилю неправильно с любой точки зрения, это и пользователя запутает, и меню категорий превратит в неразборчивую кашу безо всякой иерархии:
И я все равно не вижу конкретного вопроса - как понимать " Вот так, как эти подкат 3, надо чтобы и подкат 2 отображались"? Размер им один сделать или что? Насчет того, что все по центру я уже написал вам - оно и будет по центру, если выбрана 1 колонка, а насчет отступов между категориями 2го уровня - предполагается, что вы будете использовать фото категорий для облегчения навигации по магазину, и я очень не советую отключать эту функцию, так как даже если уменьшить отступы у 2 уровня - понять что-либо в получившемся меню будет непросто (уменьшил на вашем сайте немного отступы, смотрите что вышло и сравните с демкой вверху):
Зашел, не вижу никакого фона белого, с какого браузера проблему видно?