Значит сделали ошибку какуе то при переносе, шаблоны не все скопировали, "бахнули" что-то, кеш не выключили для проверки :)
Вы конечно извините и без обид, но судя по ссылкам чпу товаров, что-то вы сделали не так, причем даже не только с модулем....
Насколько я помню - раньше все было нормально
И url генерируется вызовом стандартной библиотеки
$this->url->link('product/product', 'product_id=' .......
Насколько я помню модуль у вас на сайте стоит очень давно, и вот после "обновления" на новую тему или какой-то vqmod вдруг ссылки стали задом наперед и самое удивительное то, что url "отлично" понимается и даже нет 301, т.е. в том самом виде. Это значит о том, что у вас какой-то vqmod допил генерирует ошибку создания url.
Потому что это потенциальные дубли для url товаров и категорий.
Признавайте, что за "допил" вы поставили