-- скрипт для формирования запросов по смене движка таблиц в рамках выбранной базы данных. Например: InnoDB <--> MyISAM
------------------------------------------------
-- указать название базы данных
set @DB_NAME = 'dbname';
-- указать на какой движок меняем
set @DB_ENGINE_NEW = 'InnoDB';
-- указать с какого движка меняем
set @DB_ENGINE_OLD  = 'MyISAM';
------------------------------------------------
SELECT CONCAT('ALTER TABLE `',table_name,'` ENGINE = ', @DB_ENGINE_NEW, ';') AS sql_text
FROM information_schema.tables 
WHERE table_schema = @DB_NAME AND ENGINE = @DB_ENGINE_OLD
AND TABLE_TYPE = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC;

На выходе-результате будет набор команд для ручного выполнения (при выполнении скрипта движок не будет изменен). Желательно их сохранить для спокойствия в какой-нибудь документ. Результаты необходимо скопировать и выполнить отдельно.